W 1756 roku Austria zawarła przymierze z Francją, by przy jej pomocy odebrać Prusom utracone ziemie Śląska. Wydarzenie to zapoczątkowało kolejny konflikt zbrojny między Prusami a koalicją państw europejskich. W pierwszych miesiącach działania wojenne ominęły Śląsk. Początkowo sukcesy odnosili Austriacy, zdobywając większość ziem śląskich utraconych kilka lat wcześniej.
W 1757 roku Prusacy opanowali na powrót cały Śląsk, przystępując do represji wobec ludności sympatyzującej z monarchią Habsburgów. Działania wojenne nabrały większego rozmachu w momencie przystąpienia do wojny Rosji, której wojska, przez Wielkopolskę, przeszły na Śląsk. Po przegranej przez Fryderyka II bitwie pod Kurowicami ziemie nadodrzańskie znalazły się pod kontrolą armii rosyjskiej i austriackiej, które okupowały większość miast.
W 1759 roku dowódca wojsk rosyjskich wydał rozkaz dostarczenia przez mieszkańców Nowej Soli paszy i żywności oraz trzymiesięcznej posługi. Obowiązek ten postanowiła przyjąć na siebie gmina braci morawskich. 24 września tegoż roku przez miasto przemaszerowały odziały rosyjskie. Kwaterował tutaj również sztab głównodowodzącego. W godzinach wieczornych zaczęło się zastraszające plądrowanie całej miejscowości, a nazajutrz rozpasanie oddziałów przeszło w szaleństwo. Ogółem spalono 40 domów wraz z budynkiem urzędu solnego i ratuszem. W tych dwóch tragicznych dniach Nową Sól opuściła wspólnota braci morawskich, której wszystkie domy koloni spłonęły dzień wcześniej.
W następnych latach wojny Nowa Sól była jeszcze kilkakrotnie widownią przemarszu wojsk różnych armii. Działania wojenne zakończyły się układem pokojowym w 1763 roku, na mocy którego Prusy zatrzymały Śląsk w swoich granicach.
Z upływem miesięcy miasto odradzało się na nowo. Przystąpiono do odbudowy domostw i zniszczeń dokonanych przez wojsko. Do Nowej Soli zaczęli ściągać nowi osadnicy. Uruchomiono tkalnię, garbarnię, zakład blacharski, hutę szkła, piekarnię i wytwórnię sakiewek. Starania króla pruskiego zmierzające do dalszego rozwoju miasta, m.in. otwarcie angielskiej stolarni artystycznej, zakończyły się fiaskiem. Wzniesiono natomiast nowe magazyny faktorii solnej przy ul. Wróblewskiego i na Placu Solnym.
